La vila va servir de refugi en moltes ocasions de perill, però durant la popular revolta de les Germanies les murades es convertien en una peça clau. Els nobles de Mallorca es refugiaren a Alcúdia, mentre la revolta era sufocada per les tropes de l'emperador Carles V. Acabada la revolta, la fidelitat de la vila a l'emperador va ser recompensada i aquesta rebé el títol de Ciutat Fidelíssima l'any 1523 entre altres privilegis.

Desprès, la revolta de les Germanies va encetar uns anys difícils per a tot Mallorca, inclosa Alcúdia. La posició costanera, altre temps avantatjosa, es convertí en la causa de la ruïna: els temuts corsaris arribaren per la costa i saquejaren una i altra vegada la població, com l'atac que va tenir lloc al Cap de Pinar l'any 1558.
La inseguretat de les contrades i la fugida cap a Ciutat dels propietaris varen fer que la població d'Alcúdia disminuís considerablement. De fet, el descens va ser tan alt que l'any 1779, durant el regnat de Carles III, el port marítim es va rehabilitat per al comerç internacional amb l'objectiu de fomentar l'activitat econòmica i, al mateix temps, repoblar la ciutat.
Tanmateix, l'economia alcudienca no va permetre una millora notable de la població fins al segle XX, quan el 1957 una fàbrica d'energia elèctrica (GESA) s'establí al port per al subministrament de tota l'illa.
Els primers turistes arribaren a Alcúdia a principis del segle XX però la gran indústria turística no es desenvoluparà fins als anys 70, com a la resta de Mallorca. Les grans zones d'aiguamolls que ocupaven L'Albufera varen esser dessecades i en el seu lloc s'alçaren els grans complexos hotelers. Posteriorment, en els anys 80, un nou impuls urbanístic provocarà una nova onada de construcció. Actualment Alcúdia es dedica íntegrament a la indústria turística, i compta amb més de 29.000 places hoteleres.

El port comercial d'Alcúdia s'ha especialitzat en la recepció d'energia elèctrica que, a més de Mallorca, també abasta Menorca. Per altra part, hi ha un considerable volum de mercaderies que arriben a Mallorca per aquest port. En aquest moments, la ciutat d'Alcúdia ha arribat als 16.000 habitants i es consolida com el segon pol de desenvolupament urbà després de Palma, com a conseqüència de la important activitat econòmica que aquí es genera.

La ciutat d'Alcúdia i la zona arqueològica de Pol·lèntia foren declarades conjunt historicoartístic pel Decret 21/41, del 20 de juliol de 1963. En els últims anys s'han posat en marxa diversos plans per tal de conservar i recuperar aquestes zones. S'ha creat el Consorci de la Ciutat Romana de Pol·lèntia, entitat integrada pel Govern de les Illes Balears, el Consell de Mallorca i l'Ajuntament d'Alcúdia, per tal d'impulsar al màxim la seva recuperació.